第一原理計算のすすめ

第一原理計算にかかわる話についてつらつらと述べるブログ

第一原理計算資料一覧(Qiita編)

 

第一原理計算パッケージ関連

VASP

VASPの出力ファイルからDOS分布を書いてみた(備忘録) - Qiita

pymatgenを用いてVASP POSCARファイルからdensityを計算する - Qiita

p4vaspをWSLにインストールする方法 - Qiita

第一原理パッケージ VASP のINCARファイルでよく用いられるタグのテンプレート化 - Qiita

VASPの出力ファイルDOSCARからLDOSとPDOSを整理するスクリプト - Qiita

DFTとは?初心者向けチュートリアル、開発に役立つ情報、ツール、実例などのトピック集(2ページ目) - Qiita

 

ASE

ASE (Atomic Simulation Environment) 導入記録 - Qiita

ASE (Atomic Simulation Environment) 導入記録#2 - Qiita

ASE(Atomic Simulation Environment)でモデルの図を保存する,描写する,モデルを出力する(png,cif,traj,pov) - Qiita

 

OpenMX

OpenMXのインストール - Qiita

 

ABINIT

ABINITの導入記録 - Qiita

Abinitことはじめ - Qiita

 

SIESTA

第一原理計算ソフトウェア"SIESTA"並列版のインストール[LINUX ver.] - Qiita

 

Quantum Espresso

Quantum-ESPRESSO入力ファイルの作成方法 - Qiita

ASEとQuantum Espressoを使って、H2Oなどの3原子分子を構造を最適化して、安定構造を見つける。 - Qiita

ASEとQuantum Espressoを使って、六方晶Hfの格子定数aとcを最適化する - Qiita

ASEとQuantum Espressoを使って、Ptが単純立方構造、fcc、hpcのいずれの構造をとるかを調べる - Qiita

ASEとQuantum Espressoを使って、手動でCuの単位格子最適化して、平衡体積弾性率を見積る - Qiita

Quantum Espressoを色々なライブラリでコンパイルして、自分のPCに最速な状態にする - Qiita

YAMBOのコンパイル - Qiita

Quantum ESPRESSO(pwscf)のコードを覗く - Qiita

Quantum ESPRESSO入出力結果(原子構造)の可視化方法 - Qiita

PIMD+Quantum-ESPRESSO+AENETのコンパイル - Qiita

 

Quantum ESPRESSO入力ファイル作成手順 1.結晶構造の作成 - Qiita

Quantum ESPRESSO入力ファイル作成手順2.SCF計算の設定 - Qiita

Quantum ESPRESSO入力ファイル作成手順3.擬ポテンシャルファイルの選択方法 - Qiita

Quantum ESPRESSO入力ファイル作成手順4.原子座標のみの最適化 - Qiita

Quantum ESPRESSO入力ファイル作成手順5.格子ベクトルの最適化 - Qiita

Quantum ESPRESSO入力ファイル作成手順6.状態密度の計算 - Qiita

Quantum ESPRESSO入力ファイル作成手順7.局所状態密度の計算 - Qiita

Quantum ESPRESSO入力ファイル作成手順8.バンド構造の計算 - Qiita

Quantum ESPRESSO入力ファイル作成手順9.バンド数の設定 - Qiita

Quantum ESPRESSO入力ファイル作成手順10.van der Waals相互作用 - Qiita

Quantum ESPRESSO入力ファイル作成手順11.LDA+U - Qiita

Quantum ESPRESSO入力ファイル作成手順12.NEB法 - Qiita

Quantum ESPRESSO入力ファイル作成手順13.Phonon計算(特定q点) - Qiita

Quantum ESPRESSO入力ファイル作成手順14.Phonon計算(バンド構造) - Qiita

Quantum ESPRESSO入力ファイル作成手順 15.擬ポテンシャルの作成 - Qiita

Quantum ESPRESSO入力ファイル作成手順 16.擬ポテンシャルのテスト - Qiita

Quantum ESPRESSO入力ファイル作成手順 17.SCF計算の入力ファイルの実例 - Qiita

 

CP2K

CP2KをWSLでインストールする - Qiita

 

GPAW

ASEとGPAWでDFT計算を行う - Qiita

 

Elk

The Elk Codeビルドの備忘録 - Qiita

 

Octopus

第一原理計算プログラムOctopusのインストール(メモ) - Qiita

 

Gaussian

Gaussianの解析スクリプト[python] - Qiita

 

SALMON

SALMON TDDFTビルドの備忘録 - Qiita

 

Materials Informatics

ゼロから始めるマテリアルズ・インフォマティクス① - Qiita

ゼロから始めるマテリアルズ・インフォマティクス② - Qiita

マテリアルズ・インフォマティクスの概要と最近の研究事例 - Qiita

マテリアルズインフォマティクス(MI)技術者が参考にするサイトまとめ - Qiita

機械学習でなんとなく材料研究者の気分を味わおう - Qiita

Material ProjectとCitrinationのAPIを使ったバンドギャップの比較 - Qiita

Materials Projectのクエリ機能を使用して所望の計算材料データを大量に取得する。 - Qiita

Materials Projectとは?(概要とデータの取得) - Qiita

Materials Informatics関係者必見!周期表ヒートマップで化合物データを可視化する。 - Qiita

pymatgenで結晶構造情報フォーマットcifを扱う - Qiita

pymatgenでcifデータを取得して詳しく見てみる - Qiita

Materials Projectで取得できるデータを徹底的に理解する! - Qiita

Materials Projectからバンド構造とX線吸収のデータを取得する - Qiita

【pymatgen】まずは元素と化合物の情報ぐらい取得したいよね! - Qiita

pymatgenを用いてVASP POSCARファイルからdensityを計算する - Qiita

pythonのpymatgenの使い方を頑張ってまとめてみる① - Qiita

pythonのpymatgenの使い方を頑張ってまとめてみる② - Qiita

pythonのpymatgenの使い方を頑張ってまとめてみる③ - Qiita

pymatgenを用いた物性データの取得・活用 - Qiita

pymatgenのインストール手順と使用方法 - Qiita

Materials Project の API を利用してみた(メモ) - Qiita

pythonでなんとなく材料研究者の気分を味わおう【pymatgen入門】 - Qiita

PymatgenでABINIT入力ファイルを作成し、自動実行する - Qiita

Pymatgenチュートリアル① 化合物の情報を取り出す - Qiita

Pymatgenチュートリアル② Materials Projectのデータを持ってくる - Qiita

Pymatgenチュートリアル③ cifファイルを扱う - Qiita

Pymatgenチュートリアル④ 構造を扱う - Qiita

Pymatgenチュートリアル⑤ Structure型のデータを作る - Qiita

Pymatgenチュートリアル⑥ XRDのシミュレーションをする - Qiita

Pymatgenチュートリアル番外① Pymatgenで作った構造をVESTAで表示する - Qiita

Starry DataとXenonpyで意識の低いマテリアルズインフォマティクスをする① ヒートマップを描く - Qiita

Starry DataとXenonpyで意識の低いマテリアルズインフォマティクスをする② 記述子を削減する - Qiita

pymatgen を用いて結晶中原子の対称位置を特定する方法 - Qiita

結晶構造をjupyterlabでインタラクティブに可視化する - Qiita

 

機械学習分子動力学

AENET

PIMDとAENETを使って機械学習分子シミュレーションをやってみよう - Qiita

PIMDとAENETを使って機械学習分子シミュレーションをやってみよう: 2021年Docker版 - Qiita

 

DeePMD-kit

DeePMD-kitチュートリアルのガイドライン和訳 - Qiita

手元のPC上で既存の開発環境を汚さずに機械学習力場(DeePMD-kit)を体験する環境を構築する - Qiita

 

その他

Wanniter90

Wannier90の使い方 - Qiita

Wannier90の結果からバンド図を作成する - Qiita

 

その他

できるだけ簡単に密度汎関数理論(Density Functional Theory, DFT)を説明してみる(前編) - Qiita

できるだけ簡単に密度汎関数理論(Density Functional Theory, DFT)を説明してみる(後編) - Qiita

シンプルな第一原理計算(密度汎関数法)の Python コードを書く - Qiita

Google Colaboratoryを使って無料で第一原理計算 - Qiita

DFT, SCFにおけるDIISの実装ノート - Qiita